При многих музыкальных музеях, в свою очередь, есть библиотеки и архивы музыкальной литературы. В ряде исторических, этнографических, краеведческих, театральных, художественных музеев имеются музыкальные отделы. Исторически сложились две большие группы музеев - содержащие коллекции музыкальных инструментов (Музей А. Страдивари в Кремоне, Музей истории европейских инструментов в Тронхейме, Центральный музей музыкальной культуры им. М.И. Глинки) и мемориальные музыкальные музеи (см. мемориальные музеи) и исследовательские центры, представляющие наследие музыкальных деятелей (И.С. Баха в Эйзенахе, Л. Бетховена в Бонне, Дом-музей П.И. Чайковского в Клину).

В настоящее время многие музыкальные музеи представляют собой не только музеи в традиционном понимании, но и научно-исследовательские и общественные центры по распространению музыкально-культурного опыта, активно осуществляют музейную коммуникацию. Одним из важнейших средств такой деятельности является проведение музыкальных фестивалей (им. Глинки на Смоленщине, им. Рахманинова на Тамбовщине, Шаляпинских дней в Центральном музее музыкальной культуры им. М.И. Глинки).

Музыкальные протомузеи известны в Европе с 16 в. Начинались традиционно с частных коллекций музыкальных инструментов, при формировании которых часто предпочтение отдавалось старинным музыкальным инструментам. В России частные собрания существовали с 18 в., а со второй половины 19 в. появились коллекции при Дашковском музее в Москве, Московской и Петербургской консерваториях. Так, коллекция инструментов народов Средней Азии, собранная в 1870 - 80-х гг. А.Э. Эйхгорном и переданная в конце 1880-х гг. в Московскую консерваторию, стала базовой в формировании представлений о музыкальной культуре Средней Азии. Крупнейшие отечественные собрания инструментов сегодня находятся в Коллекции уникальных музыкальных инструментов (Москва), Центральном музее музыкальной культуры им. М.И. Глинки (Москва), Институте театра, музыки и кинематографии, ставшем в 1984 г. филиалом Музея театрального и музыкального искусства (Санкт-Петербург).

Первым русским музыкальным мемориальным музеем стал Дом-музей П.И. Чайковского в Клину (1894 г.), представлявший собой комнаты, в которых жил и работал композитор. В 1896 г. в здании Петербургской консерватории был открыт Музей М.И. Глинки, экспонировавший личные вещи Глинки, автографы его сочинений, прижизненные издания, изобразительные материалы; в 1912 на основе мемориального кабинета, содержавшего архив и личные вещи - Музей Н.Г. Рубинштейна. В 1920-30-х гг. создаются Музей-квартира А.Н. Скрябина (Москва, 1922), Литературно-мемориальный музей А.С. Пушкина и П.И. Чайковского (Каменка, 1937).

В 1950-90-х гг. организовывались музеи при музыкальных театрах, мемориальные музеи, многие из которых являются филиалами крупных музыкальных и краеведческих музеев: Вокально-творческий кабинет им. А. В. Неждановой (Москва, 1952), Музей-квартира А.Б. Гольденвейзера (Москва, 1955), Музей-усадьба М.П. Мусоргского (Псковская область, 1968, 1991), Музей-квартира Н.А. Римского-Корсакова (Ленинград, 1972), Мемориальный музей-усадьба М.И. Глинки (Смоленская область, 1982). Музыкальные музеи этого периода были организованы в основном на базе воссозданных утраченных интерьеров домов и усадеб.

В 1919 г. с целью сохранения смычковых инструментов создана коллекция уникальных музыкальных инструментов (см. виды колекций). Она стала крупнейшим в России собранием скрипок, альтов, виолончелей, контрабасов, виол и смычков, созданных мастерами России, Италии, Германии, Австрии, Франции, Англии, Польши, Чехии и др. Огромную ценность имеют инструменты итальянских мастеров 16-18 вв. - Гаспаро да Сало, Амати, Гварнери, А. Страдивари, Монтаньяно, Бергонци, Руджери. Основу собрания составила коллекция К.В. Третьякова, переданная в 1878 в дар Московской консерватории. Коллекция уникальных музыкальных инструментов предоставляет свои экспонаты для выступлений лучшим отечественным музыкантам.

Основу коллекции Центрального музея музыкальной культуры им. М.И. Глинки составило собрание Мемориального музея им. Н.Г. Рубинштейна (1912) при Московской консерватории. В нее вошли личные архивы и рукописи композиторов, декорации и костюмы к музыкальным спектаклям, музыкальные инструменты (начиная с 16 в.), фонотека, музыкальная иконография. В основном фонде музея свыше 771 тыс. ед. хр. Постоянная экспозиция - "Музыкальные инструменты народов мира".

Дом-музей П.И. Чайковского в Клину - самый первый музыкально-мемориальный музей в России. Был основан братом композитора М.И. Чайковским в доме, где жил и работал Чайковский, что обусловило высочайшую степень подлинности музея. Образцами в этом отношении для дома-музея выступали мемориальные музеи В.А. Моцарта в Зальцбурге и Л. Бетховена в Бонне. В музее хранится уникальный фонд Чайковского.