Университетские музеи появляются в процессе развития отечественной науки и системы преподавания. Создавались в соответствии с университетскими Уставами, а также по инициативе частных лиц, ученых, меценатов, в результате выставочной деятельности.

В конце 18- начале 19 в. в университетах начали формироваться кабинеты редкостей, мюнц-кабинеты, собрания приборов и моделей, необходимые для ведения образовательного процесса, его наглядности. Первые университетские музеи представляли собой комплексные собрания естественной истории, в которых находились как ботанические, минералогические предметы, так и археология, произведения искусства. В первом отечественном Университетском музее — кабинете натуральной истории Московского университета (1755 г.) были представлены минералы, образцы почв, раковины, куриозитеты. В 1805 г. все российские ун-ты (Московский, Дерптский, Виленский, Казанский, Харьковский) имели музеи естественной истории. В начале 19 в. основан первый музей отечественных древностей в Дерптском ун-те, крупнейшее нумизматическое собрание — в Казанском университете. Университетские музеи постепенно превращались в центры науки и культуры. В 1830-50-е гг. дифференциация научного знания привела к выделению профильных университетских музеев естественного (зоологические, ботанические, минералогические) и гуманитарного (нумизматические, изящных искусств и древностей) направлений. Одними из крупнейших стали минералогический и зоологический музеи Московского университета, создан первый музей сельского хозяйства в Дерптском университете, музей изящных искусств в Харьковском университете. С развитием новых научных дисциплин появлялись соответствующие университетские музеи: палеонтологические, этнографические; в конце 19 в. — антропологические, географические, социальные, отечествоведения и др. Так, из минералогического музея Петербургского университета был выделен геолого-палеонтологический музей; в Казанском университете создан единственный в стране музей отечествоведения, первый в мире музей прикладной медицины при Московском университете. Многие из университетских музеев в этот период стали богатейшими собраниями России. Значительное влияние на создание и деятельность университетских музеев оказывала университетская профессура, ученые; возглавляли музеи профессора (К.Ф. Фукс, О.М. Ковалевский, Г.Е. Щуровский, Д.Н. Анучин, В.И. Вернадский, А.А. Тихомиров, И.В. Цветаев и многие другие).

С самого начала университетские музеи занимались систематизацией и каталогизацией своих коллекций; наиболее интенсивно этот процесс проходил со 2-й половины 19 в. В 1790-х описаны и систематизированы коллекции музея Московского университета, в 1805 г. издан первый каталог собрания. В 1820-е гг. изданы первые путеводители. При университетских музеях создавались научные библиотеки.

Фонды (см. фондовая работа в музее) университетских музеев комплектовались в результате целенаправленных приобретений на государственные дотации, пожертвований, которые были одной из самых распространенных форм, научно-исследовательской деятельности студентов и преподавателей, в результате экспедиций, полевых и других практических исследований, дарений и обменов с другими учреждениями. Первоначально коллекции университетских музеев формировались преимущественно из пожертвований и даров (см. виды коллекций). Естественнонаучная коллекция Н.А. Демидова составила основу собрания кабинета натуральной истории Московского университета, которая впоследствии пополнялась пожертвованиями П.А. Демидова (гербарии), П.Г. Демидова (натур- и мюнц-кабинет, художественные редкости), А.А. Урусова (минералы и нумизматика), Е.Р. Дашковой (натур-кабинет) и мн.др. Часть предметов поступала в результате научных экспедиций и путешествий, которые проводили научные общества (Общество испытателей природы, Общество любителей естествознания при Московском университете и др.). Со 2-й половины 19 в. отмечаются региональные особенности комплектования коллекций (Новороссийский ун-т формировал преимущественно коллекции по истории юга страны, Казанский — материалы по инородцам).

Фонды университетских музеев, как правило, состоят из двух разделов: комплекса подлинных памятников истории и культуры — собственно научной коллекции, и комплекса научно-вспомогательного учебного материала — классной коллекции (карты, макеты, модели, т.н. раздаточный материал для практических занятий, и т.п.). Позднее в музеях стали откладываться личные фонды университетской профессуры; со временем все более внимания уделялось научной значимости приобретаемых предметов. В некоторых университетских музеях сложились музеи истории университетов (в Московском и Казанском университетах), а также мемориальные музеи (музей-квартира Д.И. Менделеева при Петербургском университете, кабинет-музей А.М. Бутлерова в Казанском университете).

Первый университетский музей, открытый для публики — музей естественной истории Московского университета (1805 г.). Впоследствии по выходным были открыты для публики все университетские музеи. Во 2-й половине 19 в. университетские музеи включаются в выставочную деятельность (Этнографическая, 1867 г.; Политехническая, 1872 г.).

Большинство университетских музеев, созданных в 19 в., существуют и в настоящее время. Коллекции университетских музеев составляют значительную и богатейшую часть музейного фонда РФ. Крупнейшими университетскими музеями являются Музей землеведения МГУ, Музей археологии и этнографии Томского университета, Палеонтологический музей Пермского ун-та и др.