В настоящее время научное комплектование фондов рассматривается не в качестве составляющей фондовой работы, а как самостоятельное направление музейной деятельности, однако по сути оно неотделимо от фондовой работы. Под комплектованием понимают процесс выявления в среде бытования предметов музейного значения и их сбора для пополнения музейного собрания; научная деятельность, основанная на принципах музееведения и профильных дисциплин. В комплектовании реализуется одна из социальных функций музея - функция документирования. Выделяются систематический (типологический), тематический и комплексный методы комплектования. С помощью первого происходит пополнение коллекций типичными предметами, характерными для определённой эпохи. Тематический метод направлен на документирование процессов и явлений, отражающих определённую тему и комплектование разнотипных предметов. Комплексный метод сочетает в себе два предыдущих. Комплектование, направленное на отражение современных процессов - актуальное документирование эпохи - также может быть систематическим и тематическим. К основным формам комплектования относятся полевые исследования (экспедиции, репортажный сбор - собирательская работа в момент события или сразу после него) и текущее комплектование (закупка, обмен, дарение и др.).

Научное комплектование осуществляется в музее на основе научной концепции комплектования, в которой изложены задачи, принципы, формы и методы комплектования. На её основе подготавливается перспективный план комплектования.

Важным фактором при комплектовании музейных фондов является выработка критериев отбора предметов музейного значения. К общим относятся информативность, аттрактивность, репрезентативность источника; частные критерии определяются спецификой конкретной коллекции (материал, техника изготовления, датировка, форма, размер и др.).

Учет музейных фондов обеспечивает юридическую охрану музейных предметов и закрепление предмета за определённым музеем и оформление его принадлежности к музейным предметам или научно-вспомогательным материалам.

Учёт музейных фондов включает 2 этапа: первичную регистрацию (окончательно закрепляет предмет за определённым музеем) через акты и регистрацию в книге поступлений; научную инвентаризацию (научное описание в инвентарных книгах).

Передвижение музейных фондов внутри музея фиксируется в учетной документации, регистрируемой через сектор учета, выдача музейных предметов за пределы музея оформляется с разрешения вышестоящей инстанции.

Обязательными мерами являются сверки сохранности музейных предметов с учётной документацией, которые регулярно осуществляются в музее. К учётно-фондовой документации, хранящейся в несгораемых шкафах и специальных помещениях, доступ строго ограничен. Процесс каталогизации музейных фондов, т.е. работа по созданию фондовых каталогов, позволяет вводить в научный оборот предметы из фондов музея путем создания различных указателей, справочников, путеводителей. Компьютеризация музейных фондов значительно ускоряет все работы по учётной документации и каталогизации.

Хранение музейных фондов - направление фондовой работы по обеспечению физической сохранности музейных предметов путём оптимально выбранных режима и системы хранения. Основные положения по организации хранения, зафиксированные в государственных нормативных документах, обязательны для всех музеев, специфика зависит от состава, структуры и объёма фондов, характеристик музейного здания. Для сохранности музейных фондов важнейшим фактором является режим хранения, складывающийся из различных составляющих (температурно-влажностный и световой режим, борьба с загрязнением воздуха и др.) Система хранения фондов может быть раздельной (размещение в одном помещении предметов из разных материалов) или комплексной (совмещенное хранение предметов из разных материалов).

Система открытого хранения музейных фондов, получившая распространение в музейной практике последних лет, призвана удовлетворить интерес посетителей к коллекциям. Возникающие при этом сложности с хранением предметов могут быть решены с использованием соответствующего оборудования, особенно тщательного соблюдения режима хранения и наличием необходимой площади. Особого рода проблемы связаны с обеспечением сохранности предметов в экспозиции (наличие света, колебание температурно-влажностного режима, вызванное присутствием посетителей и пр.).

Своевременная консервация и реставрация играют важную роль для сохранности музейного предмета.

Изучение музейных фондов (см. научно-исследовательская работа в музее) включает атрибуцию, классификацию, систематизацию и интерпретацию музейного предмета. В процессе атрибуции выявляются присущие музейным предметам признаки (материал, техника, форма, размер, вес, цвет, время и место бытования и т.д.) При классификации музейные предметы делятся на группы по признаками родства или различия, по определённому основанию деления (хронологическому, географическому, именному, тематическому). Классификация собрания помогает выявить недостающие предметы.

Группировка предметов но основании принятых в музее классификаций (в картотеке или на электронном носителе) является систематизацией предметов, на основе которой создается система каталогов музейных фондов. Результаты атрибуции, классификации и систематизации позволяют дать интерпретацию музейных предметов как источников знаний и установить его подлинность, достоверность, репрезентативность и другие свойства, присущие музейному предмету.