В структуру музея, помимо головного, входят автономно расположенные объекты: археологический и природный музей-заповедник Татарское городище, усадьба художника В.И. Смирнова, картинная галерея художника П.М. Гречишкина. В стадии создания находится Музей истории города Ставрополя на исторической территории Крепостной горы.