Наиболее значимые коллекции музейного собрания: палеонтологическая, минералогическая, зоологическая, ботаническая, энтомологическая, археологическая, этнографическая, коллекция учебных наглядных пособий начала XX в., собрание фотографий, коллекция рисунков по Северному Кавказу 1920-х, коллекция оружия, нумизматика.