С 1993 в структуре Музея на правах филиала действует Музей истории космонавтики им. Ф.А. Цандера (осн. 1974) — единственное в крае учреждение подобного профиля.

Самостоятельным подразделением, но находящимся в совместном управлении с Гимназией № 19 является военно-патриотический музей "Трагедии и славы Отечества" (1995), с собственным помещением (ок. 400 кв.м) и фондом более 2 тысяч единиц хранения.

В 2002 на музейной территории сквера "200-летия Кисловодска" построен выставочный зал городского героико-патриотического центра "Патриот", площадью 108 кв. м. В нем ведется монтаж экспозиции.

В течение 10 лет ведутся подготовительные работы по созданию археологического музея-заповедника под открытым небом на базе комплекса "Горное эхо". Предполагаемая музейная территория — более 5 га.