Всего в распоряжении музея сейчас находится более 1,5 тыс. кв.м музейных площадей и более 8 тыс. кв.м земельной территории. В настоящее время экспозиции музея расположены в трех зданиях.

Основные музейные площади 1180 кв. м, расположены в Кисловодской крепости, часть из которых находится на реставрации. Кисловодская крепость является памятником российской фортификационной архитектуры XIX в. и историческим памятником федерального значения. Это единственное хорошо сохранившееся крепостное сооружение XIX в. на юге России. Крепостные строения относятся к последней перестройке крепости 1849-1851, выполненной по проекту главного архитектора Кавминвод С.И. Уптона. Сохранились, выполненные из местного доломита, башня, здания бывших мастерских, казармы, участки стен и изящные ворота с элементами архитектурного стиля позднеготических английских замков. Крепость сыграла градообразующую роль, с нее (построена в июне-октябре 1803), ведет свою историю знаменитый российский курорт и исторический город, который вместе с крепостью и всем регионом Кавминвод в 2003 отметит 200-летний юбилей. Крепость связана с именами знаменитых россиян: А.С. Пушкина, М.Ю. Лермонтова, А.П. Ермолова, М.С. Воронцова и многих других.

Фондово-выставочный комплекс площадью 296,4 кв.м расположен в помещениях цокольного этажа современного пятиэтажного жилого дома (постройка 1988) по ул. Жуковского, 12.

В отдельном арендованном строении постройки 1973, площадью 70 кв.м на территории детского парка культуры и отдыха размещаются экспозиции музея истории космонавтики им. Ф. А. Цандера.