Комиссия по сбору документов и материалов об участии белорусского народа в Великой Отечественной войне была создана 2 июня 1942 г. Центральным Комитетом Коммунистической партии Белоруссии, который работал в годы оккупации республики в Москве. Сотрудники комиссии выезжали в действующую армию, на промышленные предприятия, эвакуированные из Белоруссии, переходили линию фронта для сбора материалов в партизанских формированиях.

Огромную роль в сборе материалов сыграли так называемые "Витебские ворота" (40-километровый разрыв в линии фронта между городами Велиж и Усвяты, образовавшийся в ходе успешных боевых действий Красной Армии зимой 1941-1942 гг.), напрямую соединившие советский тыл c северо-западными районами Белоруссии. Проходившие через "Витебские ворота" в тыл врага члены Комиссии, партийные и комсомольские работники, организаторы партизанского движения имели специальные задания по сбору материалов. После ликвидации "ворот" 28 сентября 1942 г. эту работы осуществляли самолёты военно-транспортной авиации, совершавшие регулярные рейсы к белорусским партизанам и доставлявшие в Москву образцы огнестрельного оружия, снаряжения, подпольных печатных изданий, предметов партизанского быта. Белорусские художники и скульпторы, находившиеся в эвакуации или специально отозванные с фронта в Москву, начали создавать серию портретов фронтовиков и партизан.

Оперативно собранные экспонаты были представлены на выставке "Белоруссия живёт, Белоруссия борется", которая открылась в начале ноября 1942 г. в Москве, в здании Государственного Исторического музея. Выставка функционировала 2 года, до ее переезда в Минск. Официальное решение об организации музея на основе этой выставки было принято ЦК КП(б) Белоруссии 30 сентября 1943 г. Партизанские формирования Белоруссии получили радиограммы с приказом сохранять для последующей передачи в музей наиболее значительные свидетельства, характеризующие жизнь и деятельность партизан.

Музей открылся в Минске, освобождённом от фашистских захватчиков, 22 октября 1944 г. в одном из немногих уцелевших зданий — Доме профсоюзов на площади Свободы. Под экспозицию было выделено 25 залов, и первыми выставками стали "Вооружение белорусских партизан" и "Большевистская печать Белоруссии в годы Великой Отечественной войны". В числе первых посетителей музея были фронтовики и партизаны, студенты, школьники и воспитанники детских домов, писатели и журналисты.

В послевоенные годы была создана стационарная экспозиция, в 1964 г. в связи с аварийным состоянием музей перевели во временное помещение (сейчас здесь находится Национальный музей истории и культуры Белоруссии), а в 1966 г. он открылся в специально построенном здании.

3 июля 1977 г. во дворе музея была открыта площадка советской боевой техники периода войны.

30 марта 1988 г. было принято постановление ЦК КП Белоруссии об обновлении экспозиции. В 1994-95 гг. реконструированы два зала, в 1997-99 гг. создана новая экспозиция по истории оккупационного режима. В настоящее время реконструкция стационарной экспозиции продолжается.