Музеи исторического профиля, которые собирают, хранят, изучают и представляют предметы, имеющие историческую, художественную ценность, как правило, обнаруженные в результате археологических исследований. Объектами музеефикации могут стать также недвижимые археологические памятники - древние городища, погребения, различные оборонительные, культовые, гражданские сооружения. В соответствии с задачами хранения и презентации, археологические музеи могут существовать в виде коллекционных музеев, музеев-заповедников, музеев-памятников, музеев под открытым небом. Аттрактивность археологических музеев во многом зависит от уровня реставрационных и консервационных работ, которые определяют внешний вид памятника и формы его настоящего и будущего использования в просветительских и научных целях.

Первые археологические музеи в России были созданы на волне увлечения молодой наукой археологией в начале 19 в. Они возникли в Крыму, где ранее, чем в других регионах России, начались раскопки античных городов и деятельность по охране исторических памятников. В начале 1800-х гг. был создан музей в Николаеве, в 1811 г. в Феодосии, в 1825 г. в Одессе, в 1826 г. в Керчи. Созданию археологических музеев способствовала также деятельность научных обществ, которые проводили раскопки, формировали ценные археологические коллекции. Так был создан Музей Одесского общества истории и древностей (1839 г.), Музей Русского Археологического общества в Петербурге (1840-е гг.), археологические музеи при университетах. Существенно расширилась сеть археологических музеев во 2-й половине 19 в., что было связано с окончательным самоопределением археологической науки, принципов проведения раскопок, расширением круга источников и изучаемых тем исторической науки, выработкой методов научного исследования памятников и приемов их систематизации. В этот период пристальное внимание стало уделяться славянским и византийским древностям; были сформированы музеи древностей в Рязани, Ростове, Анапе, Краснодаре, археологические коллекции Музеев Московского Археологического общества, Археологического института в Москве и Русского Археологического института в Константинополе. В организации музеев принимали участие выдающиеся российские ученые И.А. Стемпковский, Х. Френ, А.Ф. Лихачев, Д.Я. Самоквасов, И.Е. Забелин, К. Бэр, Д.Н. Анучин, А.С. Уваров и мн. др.

В 1960-70-е гг. новая волна интереса к археологическим памятникам, создание передовых методик их консервации и реставрации способствовали созданию ряда археологических музеев, в т.ч. музеев нового типа: музеев-заповедников и музеев под открытым небом. Были созданы уникальные археологические музеи-заповедники: "Костенки" в Воронежской области, Болгарский в Татарстане, Анапский в Краснодарском крае, Херсонеский в Крыму, "Танаис" в Ростовской области, на Андреевском озере в Тюменской обл., "Беломорские петроглифы" в Карелии. Благодаря деятельности по музеефикации археологических комплексов были выявлены и спасены уникальные памятники археологии.

Несмотря на непростые экономические условия и сложности юридического характера, в 1990-е гг. и в начале 21 в. были созданы археологические музеи во многих регионах России, в т.ч. в отдаленных, где до этого их никогда не существовало: один из крупнейших природно-ландшафтный и историко-археологический музей-заповедник "Аркаим" (1991 г., Челябинская обл.), Дальневосточный археологический музей в Хабаровске (1998 г.), Археологический музей в Старой Ладоге (2003 г.), Археологический музей Северо-Восточной Азии при Институте гуманитарных исследований АН Республики Саха (Якутии), (2003 г.), Археологический музей в Оренбургском педагогическом ун-те (2004 г.) Готовятся к открытию археологические музеи в Соловецком музее-заповеднике, археологический музей-памятник - первый музеефицированный курган в России, погребально-культовый комплекс скифского времени "Царский курган" на Алтае; второй после Археологического музея на Манежной площади (1997 г.) Археологический музей в подземном этаже Манежа в Москве (здесь обнаружены фрагменты Тверской дороги и придорожных построек, остатки древней церкви).