Первые аптекарские огороды на Руси разводились при средневековых монастырях, возможно еще с 11 в. (именно с этого времени прослеживается появление при монастырях больничных келий). Растения в них высаживались в определенном порядке в зависимости от лечебных свойств. В Москве аптекарские сады устраивались со времен царя Михаила Федоровича (1613-1645). При царе Алексее Михайловиче (1645-1676) в городе было 3 аптекарских сада. Первый и главный огород находился на Москве-реке, под Кремлевской стеной, в том месте, где сейчас из трубы вытекает р. Ниглинка у Боровицких ворот; второй — у Мясницких ворот, третий — в Немецкой слободе. В 1657 г. за Мясницкими воротами была устроена целая огородная слобода, куда указано было "аптекарский двор от Кремля-города перенесть". В 18 в. разведение аптекарских огородов при аптеках и госпиталях всемерно поощрялось, так как большинство лекарств по-прежнему имели растительное происхождение. Провизоры и садовники выращивали травы, а также кустарники и деревья, плоды которых использовались для приготовления лекарств. Аптекарские сады находились всегда в тесной связи с врачебными учебными заведениями, служили базой для подготовки медиков, которые изучали здесь ботанику, лекарственные свойства растений, а также учились их выращивать, собирать, хранить, изготавливать из них лекарства.

В первой четверти 19 в. теряют чисто медицинский характер. Наиболее крупные аптекарские огороды, накопившие многие тысячи видов растений, преобразуются в ботанические сады. Заложенный в 1706 г. по указу Петра I в Москве аптекарский огород Медико-хирургической академии в 1805 г. был передан в ведение Московского университета. В Петербурге — в 1714 г. на Аптекарском острове был разбит Аптекарский сад, давший название острову. В нем выращивались не только лекарственные травы, но и разнообразные растения для коллекций. В 1823 г. реорганизован в Ботанический сад, в 20 в. — Ботанический сад Ботанического института АН СССР.