Создание экспозиции «Археология Ладоги» в 2003 г. было приурочено к празднованию 1250-летия города. В преддверии очередного юбилея проведены работы по её обновлению и дополнению.

Над концепцией обновления экспозиции работали с.н.с. А.И. Волковицкий и м.н.с. А.А. Залогина, изучающие фонды археологии Староладожского историко-архитектурного и археологического музея-заповедника. Художественное решение идеи выполнил В.Н. Тоесев.

В залах музея представлено более тысячи археологических находок, относящихся к эпохам неолита и раннего средневековья. Около ста из них до этого не были доступны посетителям. В марте 2013 г. экспозиция будет дополнена предметами, находящимися на временных выставках в Государственном историческом музее в Москве и Петропавловской крепости Санкт-Петербурга.

Ладога является уникальным археологическим памятником, где открыт культурный слой VIII-X вв., сохраняющий находки из органических материалов. Экспонаты в залах эпохи средневековья дают всестороннее представление о жизни древнего города и его значении в формировании системы торговли, связывавшей различные части света. В витринах представлены вещи как местного производства, так и изготовленные на территориях Северной Европы, Средиземноморья, Средней Азии. Среди них стеклянные и каменные бусы, серебряные монеты, костяные гребни, украшения из янтаря, фрагменты тканей, оружие, инструменты.

В зале «Неолит Южного Приладожья» представлен комплекс костяных и каменных изделий, фрагментов керамики. Коллекция находок эпохи неолита, хранящаяся в фондах музея, была собрана и изучена профессором Санкт-Петербургского университета А.А. Иностранцевым в конце XIX в.