Экспозиция представляет основные составные части музейного собрания, сформировавшегося за 80 лет существования ГМЗ "Коломенское".

В залах первого этажа выставлены произведения русской иконописи и резьбы по дереву XVII в. - век расцвета Коломенского как государевой резиденции. Иконописное собрание музея представлено иконами "царских изографов" - лучших иконописцев, работавших в мастерских оружейной палаты. Особый интерес представляют подписные произведения выдающихся мастеров XVII в. Симона Ушакова, Никиты Павловца, Федора Зубова, Кирилла Уланова, а также иконы из праздничных рядов иконостасов несохранившихся московских храмов.

Резьба по дереву представлена главным образом фрагментами иконостаса XVII в. Интереснейшие памятники музейного собрания: портал, "коруна" и царские врата (1633 г.) работы мастера Льва Иванова Резца и напрестольная сень (1676 г.), происходящие из Соловецкого монастыря, - выполнены в традиционной технике глухой и сквозной резьбы с невысоким рельефом и цветными фонами. Здесь же можно увидеть и замечательные образцы объемной золоченой резьбы в стиле московского барокко.

На втором этаже представлены коллекции архитектурной керамики и этнографические собрания музея.

Коллекции архитектурной керамики ГМЗ "Коломенского" - одна из лучших в России по красоте и качеству. На экспозиции представлено развитие русской архитектурной керамики от древнерусского периода (XI в.) до начала XX века. Особое внимание уделяется изразцам XVI-XVII вв.. Здесь имеются и древнейшие "красные" изразцы, и муравленые (зеленые) изразцы с изображениями фантастических животных и полихромные изразцы второй половины XVII в. с богатым и пышным растительным орнаментом.

Этнографический зал представляет разнообразные произведения народного искусства XVII-XIX вв., происходящий из различных областей России: народные костюмы из Архангельской, Рязанской, Воронежской и других губерний, городецкие и борецкие прялки, нижегородскую домовую резьбу, лубочные картинки.