Фондовое собрание музея насчитывает более 45 тысяч единиц хранения, представляя традиционную культуру народов Карелии. Фондовые коллекции, которые создавались и продолжают создаваться силами сотрудников музея, размещаются в различных памятниках архитектуры острова Кижи и Петрозаводска. Музей никогда не имел специально оборудованных хранилищ ни в городе, ни на острове, коллекции, находящиеся в Петрозаводске, кочевали из помещения в помещение.

В 2006 году здание бывших ремесленных мастерских было передано музею для создания в нём оборудованных хранилищ фондовых коллекций. Здание бывших ремесленных мастерских спроектировано в 1909 году в городе Санкт-Петербурге окружным архитектором Василием Михайловичем Андросовым. В. М. Андросов - ученик Леонтия Николаевича Бенуа, русского архитектора - классициста. Одноэтажное здание, построенное в г. Петрозаводске представляет интерес как одно из сохранившихся в первоначальном виде зданий промышленной архитектуры начала XX века, с основными характерными для них признаками и особенностями кирпичной кладки. Поэтому одно из важных условий при реконструкции, стало сохранение сложившегося архитектурного облика здания и элементов внутреннего интерьера, относящихся к периоду строительства начала XX в.

В 2006 году было подготовлено техническое задание на проектирование, согласованное с Министерством культуры Российской Федерации. По результатам проведенного аукциона в 2007 году работы по проектированию фондохранилища выиграла фирма ООО "Невисс-комплекс" (г. Санкт-Петербург), которая имела опыт работы по созданию условий для хранения государственного архива России, а также проектированию и строительству Мариинского театра.

Историческое наружное решение фасадов здания мастерских сохранилось. Одноэтажное здание было разбито на 3 уровня, что позволило увеличить полезных площадей в 3 раза. В уровне цокольного этажа разместили помещения временного хранения экспонатов, обработки экспонатов, упаковки, технические помещения. В уровне 1-го этажа разместили реставрационные помещения мастерских, помещения хранителей и технических служб. В уровне 2-го этажа размещены фондовые коллекции.

Кроме офисного оборудования на объекте поставлено специальное оборудование для хранения музейных коллекций. Отдельного и особого внимания заслуживают микротом для отбора образцов древесины Leica SM 2400, микроскоп бинокулярный Leica DM 1000, предназначенный для использования в клинических лабораториях для выполнения общих анализов, и планетарный книжный сканер ЭЛАР ПланСкан серии А2В с комплектующими. Одно из самых важных приобретений - рабочее место реставратора - было специально заказано в Германии. Это стол с подвижной надстройкой для работы с предметами с использованием микроскопа. Рабочее место будет использоваться для реставрации икон.

Специально установлено и смонтировано оборудование, которое поможет экспонировать предметы в открытом доступе. Это всевозможные витрины кругового обзора, прямоугольные, с подсветкой, мобильный подиум, манекены, шкафы-стеллажи с перемещаемыми полками, драйверы горизонтального хранения, картотечные шкафы, специальные сейфы и оружейные шкафы, 7 холодильных шкафов для обеспечения необходимого режима хранения и т.д.

Профессионально и высокоспециализированно оборудована мастерская фотографа: комплект стоек для установки фона, штативы, фотокамера, импульсный моноблок (осветитель), инфракрасный трансмиттер для вспышек, адаптеры, тубусы, бестеневой фотобокс для съемки стеклянных бликующих предметов, бумажные цветные фоны, объективы, стол для съемки, светонепроницаемые шторы, принтер. Всё это обеспечит качественную съемку, которая в будущем послужит для создания каталогов и изданий о фондовых предметах.