Несколько лет назад начались сильные деформации этой церкви, которые продолжаются до сих пор. Последний раз реставрационные работы проводились в 2003 году. Серьезные разрушения бросаются в глаза, неоднократно многочисленные посетители упрекали музейных работников в халатности по отношению к храму. Но реставраторы музея-заповедника, к сожалению, не могут привести здание в надлежащий вид, так как его арендатором является Правительство Рязанской области. Согласно договору, все ремонтные работы проводятся арендаторами, и в данном случае реставрация будет считаться финансовым нарушением со стороны музея. Музей несколько раз направлял обращения в Правительство Рязанской области, но арендатор молчит, ничего не предпринимается и церковь разваливается на глазах.

В здании Богоявленской церкви располагается архив ЗАГСа Рязанской области. Периодически задаваясь глобальным вопросом о "подходящем" здании для музея-заповедника, Правительство области в то же время не в состоянии решить намного более скромную задачу - предоставить помещение для небольшой организации и предотвратить разрушение памятника.