Музей-заповедник "Кижи" Указом президента Российской Федерации в 1993 г. внесен в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации.

Миссия музея по сохранению и представлению уникального и подлинного культурного наследия исторической Кижской территории, как "генетической" памяти культуры Русского Севера и выдающейся части мирового культурного наследия может быть выполнена только при условии безусловного сохранения шедевра мирового зодчества - Кижского архитектурного ансамбля и в первую очередь, Преображенской церкви.

Все направления деятельности музея подчинены главному - успешной реставрации Преображенской церкви. Этот приоритет в работе и будет оставаться таковым вплоть до его реализации в 2014 году к 300-летию главного памятника музея, в 1990 г. включенного в Список памятников Всемирного культурного и природного наследия ЮНЕСКО.

За 292 года существования единственной в мире 22-главой деревянной церкви, реставрационные работы ей требовались неоднократно. Всего ее ремонтировали 6 раз. Принципиальное значение для судьбы храма имели два мероприятия: реставрация памятника в 50-х гг. по проекту А.В. Ополовникова, когда были сняты тесовая обшивка сруба и железная обивка глав церкви. Преображенская церковь вновь приобрела свой первоначальный облик и проект реставрации с инженерным усилением, разработанный московским институтом "Спецпроектреставрация" и частично осуществленный в начале 80-х годов. В церковь был введен металлокаркас, поддерживающий сооружение до сих пор. Преображенская церковь была закрыта для посетителей в связи с аварийным состоянием. Внутри памятника были демонтированы полы, потолки, снят иконостас.

Серьезным в судьбе церкви стал 1999 год, когда в музее началась крупномасштабная подготовка к комплексной реставрации Преображенской церкви. Уникальный проект был разработан Санкт-Петербургским институтом "Спецпроектреставрация" под руководством главного архитектора проекта Владимира Рахманова. В основе проекта лежит метод лифтинга, предусматривающий реставрацию или полную замену изношенных бревен без полной разборки памятника. В этом случае основной экскурсионный объект музея-заповедника будет оставаться на глазах у туристов весь период реставрационных работ.

Комплексность и уникальность проекта состоит в том, что он обеспечивает максимальную сохранность памятника (при реставрации будет заменено всего 20% бревен сруба), инженерную систему усиления страховки работ и современную систему безопасности, в том числе и на длительный период процесса реставрации.

В сезоне 2006 года предусматривается обширная программа подготовительных мероприятий перед непосредственной реставрацией памятника. Силами Плотницкого центра музея ведутся работы по снятию полов в трапезной церкви, укреплению сжимами стен трапезной. К сентябрю будет построен деревянный настил на приобъектной площадке на Кижском погосте. Службой безопасности музея будут сданы в эксплуатацию усовершенствованная система пожарной сигнализации и система освещения внутри церкви.

Службой учета, хранения и реставрации недвижимых памятников в течение летних месяцев проводится целый ряд серьезных профилактических мероприятий. С участием московской фирмы ООО "Йена-инструмент" проведено лазерное сканирование Преображенской церкви и получена цифровая модель наружной поверхности церкви с высокой точностью.

При помощи СВЧ-установки проведены работы по уничтожению личинок жука-точильщика внутри бревен. Акустическими приборами проводились исследования по обнаружению личинок точильщика внутри бревен на ранней стадии поражения.

Осенью музей примет в эксплуатацию первый в России подобный закрытый реставрационный комплекс, который даст возможность работать с реставрационным лесом круглый год. Для будущих реставраторов-"преображенцев" заканчивается реставрация дома-памятника Вичурина в д. Ямка на острове Кижи.

В летнем сезоне-2006 планируется опробовать метод лифтинга на более простом деревянном сооружении - амбаре-памятнике музея из д. Пелтожи.