Основание Красноярского музея относится к тому времени, когда среди русского интеллигентного общества конца 70-80-х годов позапрошлого столетия стала успешно пропагандироваться идея создания местных музеев. Инициаторами возникновения музея в Красноярске стали Иннокентий Алексеевич и Юлия Петровна Матвеевы. Денежные и коллекционные пожертвования частных лиц, сочувствие со стороны властей создавали благоприятную обстановку для поддержания жизни нового просветительного учреждения. В первые музей вышел на международную арену в августе 1892 года, когда на Международном конгрессе по антропологии и доисторической археологии в Москве были показаны обширные сборы предметов из кости и камня.

В 1914 году началось строительство существующего ныне здания по безвозмездному проекту известного сибирского архитектора Леонида Александровича Чернышева. Нарком просвещения А.В.Луначарский, побывав в Красноярске в январе 1929 года, писал в очерке о городе: "Здание музея странно высится в нем, построенное в египетском стиле и украшенное египетским фигурным орнаментом. Почему на берег Енисея перенесено здание с берегов Нила? Правда, кажется, что этот музей-храм немножко зябнет у сварливых льдов седого Енисея, но, в общем, он все-таки красив... и в нем со временем разместятся великолепные коллекции...".

Сейчас в фондах музея 416607 ед. хранения. Это самая крупная коллекция среди музеев Сибири и Дальнего Востока.

К дню рождения музей готовит открытие двух выставок, музыкальный салон и другие мероприятия.