Сахалинский областной краеведческий музей принял участие в 11-м Всероссийском фестивале «Интермузей-2009», который проходил в Москве с 27 по 31 мая во Всероссийском выставочном центре. Организаторами мероприятия выступили: Министерство культуры РФ, Союз музеев России, Департамент культуры г. Москвы, Центр культурных программ «Москва-Медиа-Тур». Тема нынешнего фестиваля «Музеи России – пространство культурных инноваций». Сахалинский краеведческий музей участвовал в трёх конкурсных программах: «Музейный проект. Инновационные решения традиционных проблем», «Наука в музее», «Музейная инфраструктура юному посетителю».
Конкурсное жюри достойно оценило музейный проект «Сахалинский музей в начале XXI века. Модернизация и инновации в музейном пространстве», признав победителем островной музей в номинации «Музейный проект. Инновационные решения традиционных проблем». По условиям конкурса к диплому победителя прилагается денежная премия в размере 100 тысяч рублей.
К началу XXI века музей переживал серьёзный кризис, сформированный нерешёнными и организационными проблемами. Для выхода из кризиса была разработана Программа развития музея до 2010 года. В рамках Программы развития был разработан проект модернизации и инновации в музейном пространстве. Реализация проекта рассчитана на 2005-2011 гг. и включает следующие этапы: 1- Создание новой музейной экспозиции (2006-2011 гг.). 2 – Создание музея под открытым небом на территории музея (2007-2008 гг.). 3 - Перевод хранилищ и служебных помещений из экспозиционного корпуса в другое здание (2008-2009 гг.).
Новаторство экспозиции подчёркивает особенности исторического развития единственной в стране островной области. В содержании появились новые запретные в советское время по идеологическим соображениям разделы и никогда прежде не выставленные коллекции. Раздел о влиянии средневековых государств Китая и Японии на коренное население Сахалина и Нижнего Амура айнов и нивхов в социальном плане и материальном отношении, потеря ими независимости и выработка синтетической культуры. Обозначена история политических отношений России и Японии в связи с вопросами принадлежности южных Курил и Сахалина. Это весьма актуально, так как Сахалинская область граничит с Японией и население постоянно ощущает прессинг территориальных претензий. К запретной ранее политической теме и во многом дискуссионной ещё и сейчас относится новый раздел о японском периоде в истории Сахалинской области – периоде губернаторства Карафуто на Южном Сахалине (1905-1945 гг.). Новое в интерпретации коллекций и по культуре сахалинских корейцев. Ещё 20 лет назад это была также запретная политическая тема.
Созданы две интерактивные зоны: четыре киоска и четыре экрана. Разработаны мультимедийные программы по природе, истории и этнографии Сахалина и Курильских островов. На экранах демонстрируются кинофильмы о природе островов, военной кинохроники на Дальнем Востоке и на Сахалине.
Воссоздана идея японского архитектора показать монументальность здания. В «музее под открытым небом» размещены парк сахалинских растений, исторические объекты и реконструкции древних жилищ аборигенов острова и сцен времён каторги и ссылки XIX века.
Надо отметить, что общий проект состоялся благодаря плодотворной работе группы сотрудников музея, участников и партнёров проекта на протяжении длительного времени. Это уже четвёртое участие, большая победа и честь защищать Сахалинскую область в столь крупном музейном мероприятии страны, где были представлены лучшие музеи РФ. Сахалинский областной краеведческий музей не останавливается на достигнутом, намерен участвовать в конкурсе музеев 2010 года.