Он был организован в 1930 году на базе Геологического музея АН СССР, история которого восходит к Кунсткамере Петра I.

Институт был создан академиком Алексеем Алексеевичем Борисяком, в этом его поддержали академики П.П.Сушкин и А.Н.Северцов. Вместе с А.А. Борисяком у истоков Института стояли будущий академик Юрий Александрович Орлов, давняя сотрудница Борисяка - Елизавета Ивановна Беляева (с 1921 г.) и такие впоследствии известные ученые как Гартман-Вейнберг, Геккер (с 1924 г.), Ефремов (с 1925 г.) и другие.

Из небольшой ячейки палеонтологов в 1930 году Институт вырос до крупного Палеонтологического центра, в котором проводятся исследования исторического развития живых организмов, начиная с древнейших бактерий и кончая недавно жившими мамонтами. В институте работают всего лишь 110 научных сотрудников, но это коллектив высококлассных специалистов, среди которых 2 академика, 3 члена-корреспондента РАН и 42 доктора наук. Только за последние 5 лет сотрудниками Института опубликовано более 60 монографий и более 1000 научных статей. Официально признаны Ведущие научные школы академика Л.П.Татаринова, академика Б.С.Соколова и члена-корреспондента М.А.Федонкина, члена-корреспондента А.Ю.Розанова. Институт координирует палеонтологические исследования в стране через соответствующий Научный совет, является головным в разработке проблем общего звучания, таких как происхождение и эволюция биосферы, развитие органического мира на Земле, бактериальная палеонтология и бактериальный рудогенез и т.д.

Палеонтологический музей с самого начала был одним из стержней Института. Основу Музея в 1930 году составили Остеологический отдел и Северо-Двинская галерея проф. В.П. Амалицкого. В конце 1987 года для широкой публики была открыта новая экспозиция в специально построенном современном здании. Сейчас это один из крупнейших в мире палеонтологических музеев. В экспозиции, насчитывающей около 5 тысяч экспонатов, демонстрируется вся эволюция жизни на Земле от момента появления живых организмов до нашей эпохи. Ежегодно через Музей проходят теперь многие тысячи людей, на его базе работает научно-просветительский центр, где ведется важная работа по популяризации естественно-научных знаний.

Ко дню празднования юбилея мы получили много теплых поздравлений от наших друзей и коллег из разных организаций России и СНГ - геологических и биологических научных институтов, ВУЗов, музеев. Огромное спасибо всем! Особая благодарность тем, кто нашел возможность приехать к нам на юбилей.