- М.В.Ломоносов и Академия наук в XVIII веке;

- Первая Астрономическая обсерватория Российской Академии наук

- Большой Готторпский глобус-планетарий.

Музей М.В.Ломоносова посвящен начальному периоду истории Академии наук и вкладу в современную науку Михаила Ломоносова (1711-1765) - одного из величайших деятелей российской науки и культуры. Ломоносов известен как ученый-энциклопедист, которого сравнивали с такими его великими современниками, как Вольтер, Франклин, Лейбниц.

Созданный в 1947 г., Музей М.В.Ломоносова вошел в 1993 г. в состав МАЭ РАН. В музее, расположенном на трех этажах башни - первой Академической обсерватории, - экспонируются редчайшие предметы ломоносовского времени, включая научные инструменты, книги, портреты, мозаики, в том числе из личного собрания первого русского академика. Среди собраний Музея - уникальные научные приборы XIV - XIX веков. Экспозиция музея включает реконструкцию интерьеров зала заседаний Академической Конференции, кабинета учёного-энциклопедиста и физического кабинета. Специальные разделы посвящены истории первой Астрономической обсерватории Российской Академии наук и Большому Академическому (Готторпскому) глобусу-планетарию.

Новая экспозиция Музея М.В.Ломоносова символизирует приоритетное значение науки в системе российских национальных ценностей.

С 20 сентября 2003 г. работает новая постоянная экспозиция "Первые естественнонаучные коллекции Кунсткамеры".