В настоящее время в качестве объекта музеефикации рассматривается не только весь ансамбль монастыря, но и сама историко-культурная среда, и исторические формы человеческой деятельности. Сотрудничество с церковью на основе взаимных интересов сохранения и выявления историко-культурной ценности памятников допускает частичное возвращение отдельным объектам их изначальных функций, не противоречащих требованиям сохранности наследия.

Черты "протомузейности" появляются в русских монастырях с раннего средневековья. В монастырских ризницах концентрировались реликвии, мемориальные предметы, связанные с именами святых и исторических деятелей, военные трофеи, произведения искусства. Известны монастырские собрания книг, документов, нумизматики, фалеристики, естественнонаучных объектов и др. В научной литературе и путеводителях 19-начала 20 вв. уже встречаются прямые указания на отношение к монастырским памятникам как к музейным объектам. В 1906 г. собиратель предметов старины кирилловский иеромонах Антоний написал статью "Об устройстве музеев при монастырях", содержащую концепцию развития музейного дела Вологодского края: в Кирилло-Белозерском монастыре монах предлагал устроить центральный музей, а в других монастырях епархии - его отделения.

После 1917 г. в условиях массового закрытия обителей возникает новый тип музеев - хранилищ культуры русского православия - музеи-храмы и музеи-монастыри. Музеефикация монастырей была не самоцелью, но единственно возможной в тех условиях формой сохранения культового наследия. В первое десятилетие Советской власти было музеефицировано свыше 40 монастырских ансамблей, первыми из которых стали Оптина пустынь (1919 г.) и Троице-Сергиева Лавра (1920 г.), далее возникли музеи в Тихвинском, Болдинском, Саввино-Сторожевском, Волоколамском, Иверском Валдайском, Александровском, Кирилло-Белозерском, Ферапонтовом, Толгском, Симоновом, Новодевичьем и др. монастырях. Для руководства этой группой музеев в рамках Музейного отдела Главнауки Наркомпроса в 1924 г. было создано Управление музеев-храмов, музеев-монастырей и музеев-усадеб. Особый интерес представляют попытки музеев-монастырей сохранить в качестве историко-культурного наследия отдельные элементы живой культуры православия и монашеского образа жизни. В музеях-монастырях под покровительством и защитой музейных работников продолжали существовать монашеские общины.

После 1927 г. многие музеи-монастыри были лишены статуса музеев и закрыты, а монастырские ансамбли физически уничтожались или превращались в склады, фабрики, тюрьмы. Отдельные музеи-монастыри были перепрофилированы в краеведческие музеи. Как тип музея музеи-монастыри на многие годы перестали существовать.

После окончания Великой Отечественной войны музеефикация вновь признается наиболее желательной формой использования историко-культурного наследия православия. Разворачиваются реставрационные работы. Термин "музей-монастырь" вновь появился в музейном деле, происходит возвращение историко-художественного профиля музеям-монастырям, переданным ранее под краеведческие и атеистические экспозиции. Важнейшую роль в становлении новых форм музеефикации сыграла организация в конце 1950-х гг. музеев-заповедников. Признанные наиболее ценными музеи-монастыри получают этот статус (Кирилло-Белозерский, Троице-Сергиев), другие входят в состав заповедников (Костромской Ипатьевский, Соловецкий, Ярославский Спасо-Преображенский, Спасо-Мирожский в Пскове, Юрьев в Новгороде и др.)

В 1980-90-е гг. после возвращением епархиям большинства монастырских ансамблей на территории РФ сохранялось около 30 музеев, функционирующих на базе монастырских ансамблей. Большинство сохранившихся музеев-монастырей сегодня в той или иной степени совмещают музейную функцию с возвращенной функцией действующего монастыря.