Музей был учрежден 4 апреля 1909 года решением Сарапульской уездной земской Управы. Музей Сарапульского земства сразу стал заметным явлением в культурной жизни не только Сарапула и Сарапульского уезда, но и всего региона в целом. Факт учреждения музея ставил город в один ряд с губернскими столицами России. В Сарапуле уже работала публичная библиотека, появились кинотеатры, давал спектакли любительский театр, существовала развитая сеть образовательных учреждений, светских и духовных.

Инициаторы создания музея были истинными патриотами своего города и края, бескорыстными и деятельными подвижниками нового начинания. Во многом благодаря им музей сегодня обладает ценнейшими коллекциями – этнографической, нумизматической, археологической, естественнонаучной. Благодаря активной деятельности учредителей в музей постоянно поступали пожертвования от частных лиц. Среди раритетов музея – древнеегипетские культовые фигурки ушебти, знамя полка Наполеоновской гвардии, одна из первых в России типографских старопечатных книг Учебное Евангелие 1595 года, дагерротипы 1850-х, кинохроника 1912 года. Настоящим сокровищем стала и художественная коллекция музея.

С 1921 года и поныне Сарапульский музей размещается в здании двухклассного городского Николаевского училища.

В 20-е годы музей начинает активную исследовательскую работу, в том числе и проведение археологических исследований. Сотрудники музея принимают участие во всероссийских и региональных конференциях по краеведению.

В 1923 году Сарапульский музей становится Окружным научным музеем Прикамского края. Любопытным фактом является решение организовать при музее зоопарк. Из зоопарка г.Свердловска привозят зверей (10 зверей, 6 хищных птиц, 2 китайских гуся), в штате появляется должность «кормщик зверей». Городская газета сообщала, что в нашем «зоопарке» даже родился медвежонок.

В годы Великой Отечественной войны в здании Сарапульского музея размещался краеведческий музей Удмуртской АССР. В Сарапул были эвакуированны ценности из Ленинградских пригородных дворцов-музеев, Летнего дворца Петра I, музея истории г. Ленинграда и музея истории религии и атеизма г. Ленинграда, - всего 35 085 предметов. Среди ценностей – собрание оружия Павла I, художественные изделия из китайского лака, янтаря и слоновой кости, русский фарфор XVIII века, подлинные чертежи и планы виднейших зодчих Захарова, Ворончихина, Растрелли, Кваренги, Росси, произведения русской и европейской живописи и др. Сарапульский музей в эти годы официально именовался «Музей-хранилище Ленинградских дворцов».

Сегодня Музей истории и культуры Среднего Прикамья – не только старейший, но один из наиболее интересных и значительных музеев Удмуртии. Его собрание состоит из 22 коллекций, общей численностью более 200 тысяч единиц хранения. Музейный комплекс состоит из трех объектов - головного музея, дома-музея академика Н.В.Мельникова и художественно-выставочного комплекса «Дача Башенина». В коллективе музея трудится 79 человек, среди них 28 человек – это научные сотрудники и экскурсоводы.

Деятельность музея направлена на максимальное и эффективное использование своих ресурсов и потенциала. Сотрудники музея постоянно работают над совершенствованием форм и методов работы с посетителями. Разрабатываются и реализуются разнообразные культурно-образовательных проекты и программы по таким актуальным направлениям, как патриотическое, нравственное, эстетическое, экологическое воспитание.

Музей активно занимается проектной деятельностью. Проекты, разработанные музейными сотрудниками, получили финансовую поддержку фонда Сороса, конкурсов Приволжского федерального округа, отмечены дипломами окружных и российских конкурсов социальных и культурных проектов, участвовали в международном конкурсе в области музееведения и отмечены музейным ведомством Финляндии.

Деятельность Музея истории и культуры Среднего Прикамья по сохранению историко-культурного наследия, экспозиционно-выставочной и просветительной работе была неоднократно отмечена почетными грамотами и дипломами.

В мае 2009 года музей отметил свой столетний юбилей. С 28 по 30 мая в музее состоялся Межрегиональный музейный фестиваль «100 лет – это повод!». В торжествах, посвящённых знаменательной дате, приняли участие руководители муниципального образования «город Сарапул», министр культуры, печати и информации Удмуртской Республики Д.Е. Иванов, депутаты, российские музеи, высшие учебные заведения, учреждения культуры и общественные деятели. В адрес сотрудников музея звучало много добрых слов за их любовь и преданность городу Сарапулу, трепетное отношение к его богатому историческому наследию.

Вместе с музейщиками вековой юбилей первого музея в Удмуртии отметили горожане, для которых 29 мая была организована акция «Ночь в музее», в рамках которой были проведены впервые в истории музея, - театрализованные встречи в экспозициях («Праздник лося», Эрмитаж по-Сарапульски), акция дарения «Спешу поздравить музей», выставка «Клады ХОББИтов» - первые коллекции музея и частные собрания современных коллекционеров, аукцион, концерт, фейерверк. 30 мая, в заключительный день фестиваля, в художественно-выставочном комплексе «Дача Башенина» был устроен городской бал «Дефиле в стиле модерн».

Ежегодно музей посещают свыше 100 тысяч посетителей.

Музей по-прежнему живет яркой, насыщенной жизнью и приглашает всех желающих поближе познакомиться с историей музея и города.