Ее первоначальное ядро составил дар основателя музея А.П.Боголюбова, поступление которого растянулось почти на пятнадцать лет, начиная с 1885 года - года открытия музея. Именно тогда дарителем была передана значительная часть русских рисунков и акварелей. Серди них - работы М.М.Антокольского, Ф.А.Бруни, К.Ф.Гуна, Ф.А.Васильева, В.П.Верещагина, М.Я.Виллие, Н.Д.Дмитриева-Оренбургского, М.И.Железнова, М.А.Зичи, П.О.Ковалевского, К.К.Кольмана, А.К.Лавеццари, Н.Е.Маковского, Н.Е.Сверчкова, П.С.Сорокина, А.Ф.Чернышева. В том же году Боголюбов передал большую коллекцию собственных рисунков (с последующими добавлениями она составила более 600 листов). Существенно собрание было дополнено в 1897-1898 годах по завещанию дарителя. Вместе с картинами, живописными этюдами, гравюрами, различными предметами прикладного искусства душеприказчиком Боголюбова, его учеником Н.Н.Гриценко в музей из Парижа было прислано около 50 рисунков и акварелей русских авторов, в том числе листы А.К.Беггрова, А.А.Харламова, М.П.Клодта, И.М.Прянишникова, К.Е.Маковского.

Очевидно, что и в этой, одной из основных и значимых частей боголюбовского собрания преобладали работы его современников, в первую очередь тех, с кем его связывало личное знакомство, нередко и многолетняя дружба. От основателя музея поступили такие реликвии, как трогательный карандашный пейзаж его безвременно ушедшей жены Надежды Павловны, выполненный в год их венчания, или рисунки наследника престола цесаревича Александра Александровича, впоследствии одного из щедрых жертвователей Радищевского музея, и его супруги цесаревны Марии Федоровны, бравших у Боголюбова уроки рисования. Не отнесенные к шедеврам музейной коллекции, они бережно сохраняются как свидетельства дорогих и памятных страниц боголюбовской жизни.

Многие листы сопровождены авторскими автографами, запечатлевшими уважительный или теплый характер отношений: "Многоуважаемому Алексею Петровичу Боголюбову от Ф.Бруни", "Основателю Саратовского музея господину Боголюбову признательный Э. де Липгарт", "Добрейшему А.П.Боголюбову в память дружеских отношений" - от М.Я.Виллие или просто и сердечно "Ученик Ваш Миколаич" - от Н.Н.Гриценко.

Благородное начинание Боголюбова получило самый широкий отклик: с первых дней в саратовский музей стали поступать пожертвования как учреждений, так и частных лиц. На страницах первого музейного инвентаря, содержащего полный перечень всего переданного при жизни Боголюбова, мы встретим десятки, а быть может, сотни фамилий, найменований и даже упоминаний "лиц, пожелавших остаться неизвестными"!

Большую роль в пополнении коллекции русского рисунка сыграли Товарищество передвижных художественных выставок и петербургская Академия художеств. Академией был передан обширный фонд учебных рисунков своих воспитанников, дополненный спустя несколько лет коллекцией экзаменационных работ учеников Центрального училища технического рисования барона А.Л.Штиглица, подаренной его приемной дочерью Н.М.Половцовой. Предназначенные для нужд рисовальной школы, открытой в стенах музея в 1897 году в осуществление боголюбовского замысла единого образовательно-эстетического комплекса, они составили ценнейший учебный материал. Среди почти 200 подобных листов хранятся ранние работы знаменитых саратовцев П.В.Кузнецова, А.И.Савинова, П.С.Уткина, В.Э.Борисова-Мусатова.

Многие русские художники не остались безучастными к судьбе первого общедоступного музея. Особенно впечатляющим было пожертвование Ф.А. Бронникова, подарившего около трехсот собственных рисунков. В 1920-е годы музейные коллекции были серьезно пополнены передачами из Государственного музейного фонда.

Так, в Саратове появились прекрасные графические произведения М.А.Врубеля, А.Н.Бенуа, А.Я.Головина, Н.К.Рериха. Наряду с графикой мастеров "Мира искусства" из музейного фонда были переданы работы художников русского авангарда начала XX века: В.Е.Татлина, В.В.Кандинского, М.З.Шагала, А.А.Экстер.

Именно эти поступления заложили основы музейного собрания отечественных рисунка и акварели рубежа ХIХ-ХХ веков и первых десятилетий XX столетия.