Сампсониевский собор представляет собой архитектурный комплекс (собор - колокольня - часовня), отличающийся от других культовых сооружений города характерной чертой - смешением допетровских форм и элементов архитектуры раннего Петербурга. В целом исследователи относят его облик к одному из направлений первой половины ХVIII века - "анненскому барокко", однако завершение колокольни граненым шатром с окошками - "слухами", является единственным случаем в Петербурге, но типичным для зодчества XVI - XVIII вв. Москвы, Ярославля, Соликамска и других русских городов.
Свойственное памятникам переходного периода смешение различных архитектурных стилей и форм проявилось и во внутреннем убранстве этого храма, главным образом, в его иконостасах: главном и двух малых.
Главный иконостас во имя Св. Сампсония Странноприимца, выполненный с изумительным блеском и мастерством, представляет собой настоящий шедевр русского искусства первой половины XVIII столетия. Малые иконостасы (южный - в приделе Архистратига Михаила, и северный - в приделе Иоанна Богослова) отличаются более скромными формами и во многом уступают главному, но, тем не менее, их также можно отнести к незаурядным творениям своего времени.
Иконостасы собора принадлежат к тому типу, в котором архитектура, скульптура и изобразительное искусство сосуществует в гармоничном синтезе друг с другом. Этот тип русского барочного иконостаса складывается в первой четверти XVIII века и характерным признаком его становится взаимодействие тенденции западноевропейского искусства с традициями старинного русского культового искусства.
5 февраля 2017 года собор был передан Русской православной церкви в пользование на 49 лет (ранее собор входил в структуру Государственного музея-памятника "Исаакиевский собор")